Porcs - ferme / Swine - farm

À propos du « CLAMP sequencing » et de la PCR vaccine-like pour le virus du SRRP

À la suite du Forum sur le SRRP organisé par le CRIPA et l’atelier sur le SRRP tenu

À la suite du Forum sur le SRRP organisé par le CRIPA et l’atelier sur le SRRP tenu par l’AVIA, nous avons reçu des questions sur 2 techniques diagnostiques et il nous a semblé utile de faire une brève mise au point.

Le « CLAMP sequencing »

Lorsqu’un échantillon contient un mélange de souches du virus du SRRP, le séquençage tel qu’on le pratique habituellement au moyen de la méthode Sanger n’arrive généralement qu’à séquencer une seule des souches, celle prédominante dans l’échantillon.

Le « CLAMP sequencing » permet d’obtenir la séquence d’une souche sauvage à partir d’un échantillon qui contient une souche vaccinale et que celle-ci prédomine sur la souche sauvage.
Il consiste à amplifier sélectivement l’ORF5 de la (ou des) souche sauvage présente dans un échantillon en bloquant spécifiquement l’amplification de l’ORF5 de la souche vaccinale. Si la souche vaccinale est présente (une seule à la fois) dans l’échantillon, elle ne sera pas détectée.

Pour ce faire, on utilise une courte séquence des nucléopeptides complémentaires d’une région de l’ORF5 spécifique à la souche vaccinale en question (i.e. séquence de l’ORF5 qu’on ne retrouve pas chez les souches sauvages) qui vient bloquer spécifiquement l’amplification de l’ORF5 de la souche vaccinale.

La séquence ORF5 obtenue à l’issue de la PCR est celle de la (ou des) souche sauvage et non celle de la souche vaccinale présente dans l’échantillon.

Il faut savoir que les « PCR CLAMP » sont moins sensibles que les PCR habituellement utilisées pour le séquençage. Pour fonctionner, la valeur Ct de la souche sauvage doit être < 30. À ce jour, le test « CLAMP sequencing » est offert exclusivement par le Veterinary Diagnostic Laboratory d’Iowa State University.

Le test PCR vaccine-like

Le test PCR vaccine-like sert à déterminer si un échantillon positif en PCR de dépistage contient éventuellement une souche vaccinale (MLV, ATP ou Fostera) ou seulement une souche sauvage.
Il consiste à amplifier sélectivement des régions de l’ORF5 spécifiques aux souches vaccinales MLV, ATP et Fostera et de comparer les résultats obtenus lors de la PCR de dépistage, qui cible l’ORF7, ou une autre région éventuellement du génome (ça varie selon les PCR).

Si les Ct obtenus dans les 2 épreuves sont proches, on conclut que l’échantillon contient probablement une des souches vaccinales MLV, ATP ou Fostera ou encore une souche dérivée de celles-ci (« vaccine-like »).

Si les Ct sont éloignés, l’échantillon ne contient probablement pas de souche vaccinale mais une (ou plusieurs) souche sauvage.

À noter que la sensibilité de la PCR vaccine-like est équivalente voire parfois meilleure que celle du test de dépistage.

Le test PCR vaccine-like (MLV, ATP, Fostera) est offert chez Biovet.

Pour plus d’informations, n’hésitez pas à communiquer avec nous.

Christian Savard, Directeur R&D biologie moléculaire
André Broes, Responsable support technique

Références

  1. Harmon K, Bradner L, Bieber M, Gauger P, Zhang J. Put a CLAMP on it! PCR-based strategy to selectively sequence wild-type PRRSV in vaccinated herds. Proc. Annual meeting AASV. 2021, 50-52
  2. Gauger P, Harmon K. PRRS CLAMP: molecular diagnostic tools to distinguish wild-type and vaccine strains of PRRSV. Proc. Annual meeting AASV. 2021, 371-374
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